Родился в Ленинграде в 1957 году. В 1979 окончил художественно-графический факультет Ленинградского Педагогического Института имени Герцена. В то время художественная жизнь была наполнена множеством течений: проводились выставки Товарищества Экспериментального Изобразительного Искусства, с 1981 года объединявшего художников-нонконформистов.
На фоне этих событий изменялись приоритеты Флегонтова в искусстве — если в начале самостоятельного творчества художник симпатизировал Дерену, увлекался ранним средневековьем, примитивом, то позднее понял, что ему более близок Рембрандт и XVII век. Тогда и принял решение отказаться от экспериментов и заняться широкой, фактурной живописью. Круг излюбленных тем - быт города. Художник не любит писать с натуры, но при этом и сознательно избегает философски-надуманных сюжетов, символизма и литературности. Считая живопись искусством созерцания, он стремится освободить свои работы от нагрузки разнообразных смыслов, помочь зрителю воспринять изобразительные характеристики картины: композицию, колорит, передачу освещения. Ведь только в этом случае живопись исполняет свое предназначение: становится возможным чувство особого, неосознанного сопереживания, по-другому недостижимое.
Произведения художника находятся в коллекциях: выставочного центра Санкт-Петербургского отделения Союза художников России; дирекции выставок Московского отделения Союза художников России; Министерства Культуры Российской Федерации; Зарайского краеведческого музея; Музея-усадьбы Игоря Северянина, Вологодская область; Музея современного искусства «Эрарта», Санкт-Петербург; а также в частных коллекциях России и зарубежных стран.